马耳他岛从远古时就有人类活动。在数千年的时间里，马耳他先后被腓尼基人、希腊人、迦太基人、罗马人、阿拉伯人、西西里王国、耶路撒冷圣约翰骑士团、法国人和英国人等等不同民族占领，几经转手，所有这些文化都在岛上留下了痕迹。
公元前10世纪起，腓尼基人定居于此；公元前8世纪，马耳他被希腊人占领，公元前4世纪，又被迦太基占领。
公元217年，罗马帝国把马耳他纳入版图，并为马耳他带来前所未有的文明与繁荣，当时所遗留下来的精致马赛克图案、浴池、大理石柱廊，是当时繁荣昌盛的见证。据传，传教士圣保罗曾在公元60年因海难而滞留马耳他3个月，这可能是该国接受基督教信仰的开端。
公元4、5世纪，蛮族入侵欧洲，马耳他一度落入汪达尔人和东哥特人手中，直到公元533年才重新由东罗马帝国取得统治权。
公元9世纪起，马耳他相继被拜占庭帝国、阿拉伯帝国、诺曼人统治。
公元11世纪时，一群来自诺曼第的佣兵进入南意大利，并试图建立一个新的王国，马耳他的阿拉伯人因此同意向佣兵统领罗杰伯爵(Rogerde Hauteville)上缴税贡。
其子罗杰二世继承父志，于1127年将马耳他纳入版图，这是马耳他再次天主教化的开端自从罗杰二世在岛上建立天主教自治区之后，马耳他的命运便与西西里岛结合在了一起。
1523年，“耶路撒冷圣约翰骑士团”由罗德岛移居至此，并获神圣罗马帝国皇帝查理五世的承认，此后“圣约翰骑士团”后更名“马耳他骑士团”。
1565年，奥斯曼土耳其帝国派出3万余人的军队进攻马耳他，遭遇到了激烈的反抗。耶路撒冷圣约翰骑士团、400名马耳他公民和2000名步兵成功击退了经过四个月的激战成功击退了土耳其人。
这是马耳他历史上最重大的事件，成功阻止了奥斯曼土耳其帝国向西欧扩张。现在马耳他的首都瓦莱塔就是在击退土耳其人之后开始重建的，瓦莱塔的名字也是以骑士团团长让·帕里索·德·瓦莱特的名字命名，以纪念在马耳他大围攻期间成功从奥斯曼帝国手中保护了这座岛。
1798年，拿破仑率远征埃及的土伦舰队在马耳他靠岸，破坏了马耳他信守中立的原则，并诱使大统领拒绝他登陆，遂以此为藉口驱逐骑士团，强占马耳他。
1800年，英国军队占领了马耳他。1814年《巴黎条约》规定马耳他归属英国，从此马耳他成为英国的殖民地与军事基地。
从19世纪末起，马耳他居民开始了争取自治的独立运动。
1947年，英国允许马耳他成立自治政府，仍然保留其殖民地位，但随后在1958年撤销自治政府。
1964年9月21日，马耳他正式宣布独立，但仍承认英国女王是国家元首。
1972年，马耳他修改宪法，改制成为共和国，选举总统为国家元首，但仍继续保留英联邦成员国的身份。
对于那些想要深入了解马耳他文化和历史的人来说，首都瓦莱塔是一个很好的起点。走过这座占地不到一平方公里的城市，你仿佛已经进入了文艺复兴时期。
